Embrio BP3TI sesungguhnya telah lahir sejak 2006. Semula organisasi ini bernama Balai Telekomunikasi dan Informatika Perdesaan (BTIP) sesuai nomenklatur yang ditetapkan Peraturan Menteri Komunikasi dan Informatika Nomor: 35/PER/M.Kominfo/11/2006.
BTIP menerapkan pola pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor: 1006/KMK.05/2006 tentang Penetapan Balai Telekomunikasi dan Informatika Perdesaan pada Departemen Komunikasi dan Informatika sebagai Instansi Pemerintah yang Menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum pada 21 Desember 2006.
Seiring pesatnya perkembangan Teknologi Informasi dan Komunikasi (TIK) dan tuntutan akan ketersediaan layanan TIK yang dapat dinikmati oleh seluruh lapisan masyarakat, maka BTIP bermetamorfosis menjadi Balai Penyedia dan Pengelola Pembiayaan Telekomunikasi dan Informatika (BP3TI) pada tanggal 19 November 2010, berdasar Peraturan Menteri Komunikasi dan Informatika Nomor: 18/PER/M/KOMINFO/11/2010.
Dan untuk meningkatkan fleksibilitas, efektivitas, dan produktivitas pelaksanaan tugas dan fungsinya, maka berdasarkan Peraturan Menteri Komunikasi dan Informatika Nomor 10 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Penyedia dan Pengelola Pembiayaan Telekomunikasi dan Informatika, BP3TI mengalami perubahan dari eselon menjadi noneselon, namun tetap menerapkan pola pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum.
Tugas dan fungsi BP3TI adalah melaksanakan penyediaan dan pengelolaan pembiayaan telekomunikasi dan informatika yang berkaitan dengan pelaksanaan Kewajiban Pelayanan Universal /Universal Service Obligation (KPU/USO).
